Due anni dopo fu eletto l'abate Carlo Bianconi come segretario dell'Accademia.
Acquistò vari disegni, in buona parte del '600 bolognese, anche se disponeva di pochi mezzi.
Nel 1799 riuscì ad assicurarsi quattro tele di Giuseppe Bottani, Pompeo Batoni e Pierre Subleyras, provenienti dalla Chiesa Santi Cosma e Damiano di Milano.

Nel 1801 venne eletto un nuovo segretario, Giuseppe Bossi, che si impegnò ad arricchire la Pinacoteca con nuove copie di gessi ed a partire dal 1806 organizzò mostre d'arte aperte al pubblico.

Nel periodo napoleonico numerose chiese e monasteri vennero chiusi ed i loro beni vennero requisiti e tra questi numerose opere d'arte.
Le migliori vennero spedite a Parigi mentre con le altre opere Napoleone decise che in ogni grossa città vi doveva essere un museo; così sorsero le grandi Gallerie di Venezia, Bologna e Milano.
La Galleria di Milano doveva svolgere il compito di compendio della produzione artistica italiana.

Andrea Appiani venne nominato Commissario per le Belle Arti nel 1805 ed a Brera cominciarono ad affluire da ogni parte dipinti di pregio ed affreschi staccati.
Nel 1806 confluirono anche le opere acquistate dal viceré Eugenio Beauharnais.

Come per altri musei anche per la Pinacoteca cominciò a farsi avanti un problema: la mancanza di spazio per esporre le opere d'arte. Così fu deciso, nel 1808 di sacrificare l'antica chiesa di Santa Maria, suddivisa in due piani all'altezza delle navate per realizzare i grandi "Saloni Napoleonici".
Il 20 aprile 1810 venne inaugurata la Reale Pinacoteca Nazionale del Regno Italico.
Negli anni seguenti continuarono ad affluire varie opere d'arte, soprattutto negli anni 1811 e 1812.
Nel 1813 arrivarono dal Museo imperiale di Parigi le opere di Rembrandt Harmenszoon Van Rijn, Pieter Paul Rubens ed Antoon Van Dyck.

Alla caduta del regime napoleonico nel 1814, il Congresso di Vienna sancì la restituzione dei beni ai proprietari originari.
Fortunatamente tale disposizione ebbe effetti limitatissimi alla Pinacoteca.
Invece continuò a ricevere donazioni fino a quando nel 1882 la Pinacoteca di Brera fu sganciata dall'Accademia.
La divisione delle due istituzioni ebbe effetti disastrosi per le raccolte, che andarono parzialmente disperse in altri musei od in edifici pubblici; andarono persi i ritratti della Galleria del Bossi ed i dipinti neoclassici dell'800.

Nel 1926 venne creata l'Associazione degli Amici di Brera e grazie a questa associazione vennero acquistati svariati capolavori tra cui la "Cena in Emmaus".

Il sopraggiungere della guerra del 1914-1918 costrinse a far emigrare per ragioni di prudenza la collezione a Roma e al loro rientro, la Pinacoteca fu abbellita e ampliata, sotto la Direzione di Ettore Modigliani.

Durante la Seconda Guerra Mondiale le opere della Pinacoteca vennero messe al sicuro, infatti il palazzo subì seri danni, e tra il 1946 ed il 1950 le opere furono risistemate interamente.
Infatti il palazzo fu bombardato ed i bombardamenti causarono il crollo delle volte in trenta delle trentotto sale della Galleria, e fecero sprofondare i pavimenti.
La Pinacoteca iniziò la sua lenta resurrezione dalle rovine nel febbraio 1946 e nel 1950 dopo l'opera generosa del progettista Architetto Piero Portaluppi e della conservatrice, nonché, storica dell'arte Fernanda Wittgens e attraverso i finanziamenti del Ministero della Pubblica Istruzione, risorgeva e veniva inaugurata.
Con la riapertura entrarono a far parte della collezione opere di Ambrogio Lorenzetti, Umberto Boccioni e Giovanni Segantini.

Gli anni '70 ed '80 furono caratterizzati dalla carenza di spazio, scarsa agibilità delle sale, problemi di sicurezza e furti.
Tanto che nel 1974 fu decisa la chiusura da parte del soprintendente Franco Russoli.
Negli anni seguenti la collezione aumentò grazie a dei lasciti.

Oggi Brera offre una visione completa della storia pittorica della Lombardia, nuovamente riorganizzata in un nuovo percorso e riallestimento, che è possibile visitare.